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科学研究

高通量测序与高性能计算平台第三期生物信息技术培训班成功举行

 

2019年1月10日,中国医学科学院澳门威斯尼斯人网址44(以下简称:苏州系统所)高通量测序与高性能计算平台联合凯杰(QIAGEN)及源资科技,在系统所实验楼904培训室成功举办了第三期生物信息技术培训班。

系统所高通量测序与高性能计算平台搭建的生物医学高通量基因组分析框架,包含有专业的二代测序数据处理的软件CLC Genomics Workbench(Gx)和专业的分子网络和分子通路挖掘软件Ingenuity Pathway Analysis(IPA),以及系列深度的组学注释数据库。Gx是一个可视化的视窗数据分析平台,除了具有出色的运算能力,而且能够提供标准化分析流程,简化分析过程,获得一致的可用于次级分析的高质量的数据。IPA具有高阶立体的数据库Ingenuity Knowledge Base,能够深度挖掘多组学数据的深层次含义,是理解数据,挖掘生物学意义的有力工具。

本次培训主要内容有Ingenuity Pathway Analysis(IPA)概述及操作演示、 CLC Genome workbench及微生物组件介绍及上机演示、人类基因突变数据库HGMD及转录因子数据库TRANFAC如何使用。本次培训班得到了系统所广大科研工作者的大力支持,参与培训人员约35人。

 

 

图一:系统所吴爱平研究员为平台培训致辞

 

首先,高通量平台主任吴爱平研究员为本次培训致辞,他提出希望能尽快将生物医学高通量基因组分析平台功能进一步完善,做好平台基础能力建设,也希望大家多多使用平台,并积极提供反馈,促进平台的良性发展。高通量平台力争在服务好系统所内部需求的基础上,总结经验积极拓展,为中国医学科学院其他内部院所提供高质量的生物信息技术服务做好充分的准备工作。

 

 

图二:源资生物信息学专家为平台使用人员进行操作培训。

 

随后,由QIAGEN和源资生物信息专家为全体学员分别进行IPA、TRANSFAC、CLC和HGMD培训,从实际应用的角度帮助科研人员快速掌握平台的使用方法,使他们能够尽快的开展相关科研工作。

 

图三:第三期生物信息技术培训班现场。

 

图四:第三期生物信息技术培训班现场。 

 

接着,QIAGEN生物信息专家为学员带来微生物组高通量测序分析专题培训,通过微生物模块能够简单快速的分析微生物的多样性,例如:扩增子和宏基因组分析,宏基因组从头预测,基于宏基因组数据鉴定细菌、真菌、病毒及抗生素因子,还可以进行基因组完成图拼接及疫情分析等。

 

图五:QIAGEN生物信息学专家为平台使用人员进行操作培训。

 

最后,在课后答疑环节,学员们积极提问,针对各自遇到的问题分别进行了咨询,学员之间也进行深入的交流。

 

图六:第三期生物信息技术培训学员现场交流讨论。

 

 

图七:第三期生物信息技术培训学员现场交流讨论。

 

培训结束时,平台通过问卷调查的方式进行培训效果及培训建议的收集。学员们纷纷表示受益匪浅,希望平台今后可以继续举办类似的培训,同时希望下次培训提供上机实战环节,并预祝以后的培训越办越好。通过前面三期的培训,系统所高通量平台希望能够逐步提高数据分析能力,为中国医学科学院内部院所提供标准化的、深度的数据分析服务,能真正帮助一线科研人员解决迫在眉睫的数据分析需求。因此,系统所高通量测序与高性能计算平台将持续改善已有数据分析流程及数据库产品,将提供更多,更全面的数据处理分析解决方案,并进一步做好技术培训工作。

(程瑶/摄,朱文杰/文)