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澳门威斯尼斯人网址44“第一作者论坛——3期”成功举办

 

2019年9月24日,澳门威斯尼斯人网址44(以下简称系统所)“第一作者论坛——第3期”在系统所科研楼904会议室如期举行。本期论坛邀请到系统所吴爱平课题组北京协和医学院2018级博士研究生陈秭宜,他结合其发表在《Scientific reports》(共同第一作者,2017)、《Frontiers in Immunology》(第一作者,2018)和《Bioinformatics》(第一作者,2019)的系列科研成果带来了题为“小鼠组织免疫细胞计算工具简介”的精彩学术报告。

课题组在2017年发表于Scientific Reports的一项研究中,基于小鼠的DNA芯片表达谱数据,构建了一个能够对小鼠中的25种免疫细胞组分定量计算模型ImmuCC ,获得了领域内广泛关注和应用。进一步为了拓展该方法在当前主流转录组测序技术RNA-Seq上的应用,在2018年发表于Frontiers in Immunology的一项研究中,他们发布了一个基于 RNA-Seq数据对小鼠组织中10种主要免疫细胞组分进行预测的计算模型(seq-ImmuCC),可以为测序数据提供免疫细胞层面的解读视角,将具有非常重要的应用价值。鉴于不同组织来源的免疫细胞在表达谱上存在一定的差异,基于单一训练矩阵的计算模型在实际应用过程中可能会产生一定的误差。而随着单细胞测序(scRNA-seq)技术的快速发展和应用, 2019年发表在Bioinformatics的研究中,他们基于已有的计算框架,提出了一套整合不同组织样本转录组测序和单细胞测序数据的组织特异性免疫细胞组分预测策略(tissue-ImmuCC。后续工作中,课题组将继续基于已有的计算工具,对不同疾病,不同组织下的免疫细胞组成进行计算,构建数据库,并拓展模型在其它物种中的应用。随着单细胞测序技术的广泛应用和数据累积,他们相信这一建模策略将日趋优化,并为其他组织特异性计算模型的开发提供参考。

陈秭宜为大家带来了一场因生物信息学和免疫学的碰撞而产生出系列科研成果的精彩报告。本期论坛导师嘉宾——吴爱平研究员还与大家分享了该项研究背后的有趣故事以及该研究思路形成的完整脉络。与会者们积极参与讨论,现场气氛热烈。吴爱平研究员和陈秭宜详细地解答了大家的提问。

报告人和与会者都表示从本次学术交流中受益匪浅。期待下期第一作者论坛学术活动的举办。

 

 

文章链接:

1.https://www.nature.com/articles/srep40508

2.https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2018.01286/full&utm_source=Email_to_authors_&utm_medium=Email

&utm_content=T1_11.5e1_author&utm_campaign=Email_publication&field=&journalName=Frontiers_in_Immunology

&id=381701

3.https://academic.oup.com/bioinformatics/advance_article_abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btz672/5554701

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(徐芸/摄、文)