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科学研究

 高通量测序和高性能计算平台第四期培训班成功举行
 

2019年9月25日,澳门威斯尼斯人网址44(以下简称系统所)高通量测序和高性能计算平台(以下简称测序平台)联合上海海云生物科技有限公司,在系统所实验楼904培训室成功举办了第四期培训班。

测序平台是系统所的重要技术支撑平台,为相关学科的科学研究与人才培养工作提供测序和信息分析服务;负责探索研究领域内的新技术、新方法,为所内外科研项目提供技术支持。

高通量测序和高性能计算平台研究得到了国家重点研发计划、中国医学科学院医学与健康科技创新工程、国家自然科学基金、江苏省自然科学基金以及江苏省六大人才高峰等项目等多项基金的大力资助。

平台配备有新一代Illumina和Ion Torrent PGM高通量测序系统及完善的周边设备,包括Aglient 2100 BioanalyzerTM和荧光定量PCR仪等三十余台专业设备,并建立了“样本-文库-测序-数据”的全流程可追溯的质量体系。 在整体方案设计、数据分析和扩展解读方面都具有优势。 

测序平台最新引入的实验室管理系统LIMS (laboratory information management system),利用信息化手段整合测序项目全流程,对项目进行有效管理和跟踪,大大提高了项目管理效率,同时,客户可通过该系统全流程跟踪项目进展及细节。

平台配备有专业的二代测序数据处理软件CLC Genomics Workbench(Gx)和专业的分子网络和分子通路挖掘软件Ingenuity Pathway Analysis(IPA),以及系列深度的组学注释数据库。Gx是一个可视化的视窗数据分析平台,除了具有出色的运算能力,而且能够提供标准化分析流程,简化分析过程,获得一致的可用于次级分析的高质量的数据。

本次培训主要内容有:测序平台软硬件环境及服务内容介绍、测序项目价格体系、实验室管理系统(LIMS)、测序实验室及计算集群管理办法和 CLC Genome workbench的上机数据实操演示。

 

图一:系统所吴爱平研究员为平台培训致辞


       培训伊始,测序平台主任吴爱平研究员首先致辞,他表示此次培训是目前测序平台最完整最系统的一次培训,希望大家能全方面了解平台的功能和特点,探讨平台对所内各课题组最大化的应用可能性,推动平台和各课题组间的合作,希望大家能多提意见和建议,促进平台更好的发展。另外,对于实验室管理系统LIMS以及计算集群和CLC、IPA等,建议大家能够在使用的过程中发现问题、反馈问题,促进测序平台进一步完善,并更好的发挥平台的作用和价值,更好的服务所内外需求,提供更高质量的测序及生物信息分析服务。
                       
                                                                    

                图二:测序平台潘梅老师介绍平台业务及研发方向

 

随后,潘梅老师向大家详细介绍了测序平台目前配备的软硬件资源条件,以及能为所内外提供的科技服务、研发项目及合作项目类型,希望能够推动平台与各课题组老师、同学的项目合作。并且就大家关心的测序项目价格做了较为详尽的阐述,同时对平台实验室的管理制度进行了介绍,增进大家对平台实验室门禁开通、仪器预约流程等的了解,使大家可以更顺利的利用好这个平台开展科研工作。                                     
                     

   图三:海云工程师为大家讲解LIMS的使用

 

之后,上海海云生物科技有限公司工程师为大家介绍了LIMS的应用,通过该系统,既能满足以客户服务或科学研究为目的的开放式管理需求,又能满足实验室对生产全过程进行监测的信息集成和管理。LIMS集成了实验室各管理要素,包括:数据、人员、仪器、试剂、文件、标准、客户、服务、质量等,实现从样品采集到分析完成的项目全流程的管理和跟踪。 

 

图四:测序平台朱文杰老师介绍计算集群环境及使用
 

随后,朱文杰老师向大家说明了目前高性能计算集群存在的问题和用户管理办法以及未来集群的发展规划,使大家对ISM计算集群有了一个较为全面的了解。

 

                                   图五:基因组、转录组高通量测序数据分析实操培训                                              

        

图六:基因组、转录组高通量测序数据分析实操培训

 

下午,朱文杰老师带领大家进行数据分析的上机操作培训。朱老师首先向大家介绍了多组学数据基本分析流程,之后向大家演示了外显子组和转录组测序数据在CLC上的具体分析流程和结果展示。

培训结束时,学员互相探讨CLC使用技巧和经验,并向朱老师请教在平时分析中遇到的难点,解决科研困难,提升自己的数据分析和解读能力。学员们表示此次培训受益匪浅,由于时间紧凑,需要在日后的使用过程中逐渐熟练和掌握此次的培训内容,希望下次可以针对某一模块更深入的开展培训。

通过培训,大家更全面的了解了平台的业务能力和运作模式,对促进平台和所内课题组的多方面合作很有帮助。同时,通过生物信息分析培训,帮助大家进一步掌握计算集群及CLC、IPA等分析工具的使用,逐步提升平台自身的分析和科研能力,更好的服务于所内各课题组以及中国医学科学院内部院所。

(金玉婷/摄、文)